diễn ra trong các đô thị theo phong cách cyberpunk của thành phố Neo Saitama. Sau khi vợ và con của mình bị giết trong một cuộc chiến tranh giữa các ninja, Kenji Fujikido, đã bị ám ảnh bởi một linh hồn ninja bí ẩn được gọi là Naraku Ninja.
Ở thành phố Fukuoka, nhìn bên ngoài thì là một thành phố yên bình, nhưng tội ác lại diễn ra trong thế giới ngầm. Ở quận Hakata của thành phố, có một nhóm người có tài năng đặc biệt, bao gồm, sát thủ chuyên nghiệp, thám tử, buôn thông tin, và một người chuyên đi báo thù.
Năm 1939, Neuroi, một vật thể không xác định tấn công vào trái đất. Để chống lại Neuroi một loại vũ khí đã được đặc chế có tên là Strike Unit và một lực lượng có tên Strike Witches là những người mang trong mình sứ mệnh bảo vệ trái đất.
Trong tương lai không xa, một trò chơi đối kháng mới được thiết lập dựa trên công nghệ thực tế ảo và sử dụng Bankfon G, giống như Mortal Kombat nhưng người chơi sẽ có thể thuê những trang phục giúp tăng thuộc tính và sức mạnh của mình.
nối tiếp sự kiện phần một, bộ phim Những chiến binh Bakugan 2 với tên gọi "Những chiến binh Bakugan 2: hành trình mới" kể về cuộc hành hành trình của Dan, Marucho, Shun và Dragon khi họ bị bỏ rơi ở New Vestroia, một hành tinh được lập ra hoàn toàn dành cho các Bakugan.